แต่เดิมเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๑ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ออกประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๑ ลงวันที่ ๓๐ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๔๑ ให้แบ่งส่วนงานของสำนักงานอธิการบดี เป็น ๖ กอง ประกอบด้วย กองกลาง , กองวิชาการ , กองแผนงาน, กองทะเบียนและวัดผล , กองกิจการนิสิต และกองวิเทศสัมพันธ์ โดย กองกลาง สำนักงานอธิการบดี นั้น ได้มีการแบ่งส่วนงานภายในออกเป็น ๕ ฝ่าย ประกอบด้วย ฝ่ายบริหารงานทั่วไป , ฝ่ายอาคารสถานที่และยานพาหนะ , ฝ่ายคลังและพัสดุ , ฝ่ายบริหารงานบุคคล และฝ่ายฝึกอบรมและพัฒนาบุคลากร
จากนั้นเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๕๓ ได้มีการออกประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่องการแบ่งส่วนงานภายใน (ฉบับที่ ๕) ซึ่งได้ปรับส่วนงานภายในระดับฝ่ายของกองกลางออกเป็น ๙ ฝ่าย ประกอบด้วย ฝ่ายบริหารงานทั่วไป, ฝ่ายบริหารงานบุคคล , ฝ่ายพิธีการและงานประชุม, ฝ่ายการเงินและบัญชี, ฝ่ายพัสดุ, ฝ่ายอาคารสถานที่, ฝ่ายยานพาหนะ, ฝ่ายนิติการ และ ฝ่ายกิจการพิเศษ
และเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๕๕ คณะกรรมการบริหารงานบุคคลในคราวประชุมครั้งที่ ๖/๒๕๕๕ เมื่อวันที่ ๔ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๕๕ มีมติเห็นชอบให้มีการปรับเพิ่มส่วนงานภายในระดับกองของสำนักงานอธิการบดี โดยแยกฝ่ายงานจาก กองกลาง คือ ฝ่ายการเงินและบัญชี, ฝ่ายพัสดุ, ฝ่ายอาคารสถานที่ และเพิ่มฝ่ายงานใหม่ คือ ฝ่ายวิเคราะห์และประมวลผล และฝ่ายสวัสดิการ มาตั้งเป็นส่วนงานใหม่ระดับกองเรียกว่า “กองคลังและทรัพย์สิน” โดยคณะกรรมการสภาวิชาการในคราวประชุม ครั้งที่ ๙/๒๕๕๕ เมื่อวันพฤหัสบดีที่ ๑๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๕๕ มีมติเห็นชอบให้นำเสนอสภามหาวิทยาลัยพิจารณาและในการประชุมคณะกรรมการสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ ๗/๒๕๕๕ เมื่อวันพุธที่ ๒๔ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๕๕ จึงมีมติเห็นชอบให้ออกประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนงาน (ฉบับที่ ๒) พุทธศักราช ๒๕๕๕ ลงวันที่ ๑๖ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๕๕ ให้แบ่งส่วนงานระดับกองภายในสังกัดของ สำนักงานอธิการบดี ออกเป็น ๗ กอง ประกอบด้วย กองกลาง กองคลังและทรัพย์สิน กองวิชาการ กองแผนงาน กองทะเบียนและวัดผล กองกิจการนิสิต และกองวิเทศสัมพันธ์ อีกทั้งได้ออกประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนงานภายในมหาวิทยาลัย (ฉบับที่ ๗) พุทธศักราช ๒๕๕๕ ลงวันที่ ๑๖ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๕๕ ให้มีการแบ่งส่วนงานภายในระดับฝ่ายของ กองคลังและทรัพย์สิน ออกเป็น ๖ ฝ่าย ประกอบด้วย ฝ่ายการเงิน ฝ่ายบัญชี ฝ่ายวิเคราะห์และประมวลผล ฝ่ายพัสดุ ฝ่ายอาคารสถานที่และฝ่ายสวัสดิการ
ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๕๖ คณะกรรมการบริหารงานบุคคลในคราวประชุมครั้งที่ ๔/๒๕๕๖ เมื่อวันพฤหัสบดีที่ ๔ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๕๖ มีมติให้ปรับปรุงแก้ไขโครงสร้างส่วนงานของมหาวิทยาลัยเพื่อให้สอดคล้องกับภารกิจและสามารถตอบสนองต่อการดำเนินการตามแผนพัฒนามหาวิทยาลัย และมติสภามหาวิทยาลัยในคราวประชุมครั้งที่ ๘/๒๕๕๖ เมื่อวันพุธที่ ๒๕ กันยายน พ.ศ. ๒๕๕๖ จึงมีมติเห็นชอบให้ออกประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนงาน พ.ศ. ๒๕๕๖ ลงวันที่ ๒๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๕๖ ให้แบ่งส่วนงานภายในระดับกองของสำนักงานอธิการบดี ออกเป็น ๑๓ ส่วนงาน ประกอบด้วย กองกลาง , กองกิจการนิสิต , กองกิจการวิทยาเขต , กองคลังและทรัพย์สิน , กองนิติการ , กองแผนงาน , กองวิชาการ , กองวิเทศสัมพันธ์ , กองสื่อสารองค์กร , สำนักงานประกันคุณภาพ , สำนักงานตรวจสอบภายใน , สำนักงานพระสอนศีลธรรม และสำนักงานสภามหาวิทยาลัย
ทั้งนี้ เพื่อให้การบริหารงานสอดคล้องกับประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนงาน พ.ศ. ๒๕๕๖ คณะกรรมการบริหารงานบุคคลในคราวประชุมครั้งที่ ๒/๒๕๕๗ เมื่อวันพฤหัสบดีที่ ๖ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๕๗ จึงมีมติให้ออกประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง ภารกิจ อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของส่วนงานในมหาวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๕๗ ลงวันที่ ๒๙ เมษายน พ.ศ. ๒๕๕๗ โดยกำหนดให้ กองคลังและทรัพย์สิน สำนักงานอธิการบดี มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานการเงิน งานบัญชี งานพัสดุ งานอาคารสถานที่ งานยานพาหนะ
ต่อมาใน ปี พ.ศ. ๒๕๖๐ สภามหาวิทยาลัยในคราวประชุมครั้งที่ ๙/๒๕๖๐ เมื่อวันพุธที่ ๒๗ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๖๐ มีมติเห็นชอบให้ออกประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่อง การแบ่งส่วนงาน (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๖๐ ลงวันที่ ๒๙ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๖๐ ให้แบ่งส่วนงานภายในระดับกองของสำนักงานอธิการบดี ออกเป็น ๑๕ ส่วนงาน ประกอบด้วย กองกลาง , กองกิจการนิสิต , กองกิจการพิเศษ , กองกิจการวิทยาเขต , กองคลังและทรัพย์สิน , กองนิติการ , กองแผนงาน , กองวิชาการ , กองวิเทศสัมพันธ์ , กองสื่อสารองค์กร , กองอาคารสถานที่และยานพาหนะ , สำนักงานประกันคุณภาพ , สำนักงานตรวจสอบภายใน , สำนักงานพระสอนศีลธรรม และสำนักงานสภามหาวิทยาลัย
จนกระทั่ง ในปี พ.ศ. ๒๕๖๒ โดยมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัยในคราวประชุมครั้งที่ ๕/๒๕๖๑ เมื่อวันพฤหัสบดีที่ ๒๘ มิถุนายน ๒๕๖๑ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ได้ออกประกาศมหาวิทยาลัย เรื่อง ภารกิจ อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของส่วนงานภายในมหาวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๖๒ โดยประกาศฉบับดังกล่าวได้กำหนดภารกิจ อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของ กองอาคารสถานที่และยานพาหนะ ได้มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานดูแลสาธารณูปโภค ไฟฟ้า ประปา โทรศัพท์ งานภูมิทัศน์ งานสถาปัตยกรรม งานแบบรูปรายการอาคารสถานที่ งานผังแม่บท งานระบบสุขาภิบาลและโยธา งานระบบเครื่องปรับอากาศ งานรักษาความปลอดภัย งานดูและความสะอาด งานบริการยานพาหนะเพื่อสนับสนุนการปฏิบัติงานของมหาวิทยาลัย งานบำรุงรักษายานพาหนะและปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย รวมทั้งได้แบ่งกลุ่มงานในสังกัดออกเป็น ๔ กลุ่มงาน ดังนี้
๑. กลุ่มงานอาคาร ปฏิบัติงานอำนวยการบริการการใช้อาคารสถานที่ ห้องประชุม การใช้สอยประโยชน์จากอาคารสถานที่ งานบำรุงรักษาอาคารสถานที่ งานบริหารดูแลระบบสาธารณูปโภค ไฟฟ้า ประปา โทรศัพท์ และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย
๒. กลุ่มงานสถานที่ ปฏิบัติงานเกี่ยวกับแบบรูปอาคารสถานที่ งานผังแม่บทของมหาวิทยาลัย งานสุขาภิบาลและโยธา งานดูแลภูมิทัศน์ งานบำรุงดูแลสถาปัตยกรรม งานรักษาความปลอดภัยและปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย
๓. กลุ่มงานยานพาหนะ ปฏิบัติงานจัดหา งานทะเบียนให้บริการยานพาหนะ เพื่อสนับสนุนการปฏิบัติงานของมหาวิทยาลัย งานบำรุงรักษายานพาหนะ จัดจำหน่าย จ่าย โอนยานพาหนะ และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย
๔. กลุ่มงานความปลอดภัยและความสะอาด ปฏิบัติงานดูแลรักษาความปลอดภัย ช่วยสอดส่องดูแลทรัพย์สินของมหาวิทยาลัย งานดูแลและกำกับผู้รับจ้างบริการรักษาความสะอาด ประสานความร่วมมือกับส่วนงานอื่นเกี่ยวข้องกับการรักษาความปลอดภัยและความสะอาด และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย